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      肿瘤基因检测,对于业内人士来说,从来就不是什么“高大尚”的技术;但是,对于医生或患者来说,那可就真的是“既熟悉又陌生”的高科技技术!如何能让医生或患者通俗易懂的了解肿瘤基因检测,那可真是一门技术活,毕竟市场的教育还不够!
      今天,小编先跟大家分享关于肿瘤基因检测的十个问题,希望能对大家有所帮助!
      1,大家经常说肿瘤基因检测,那么什么是肿瘤基因检测呢?
      基因Talks:肿瘤基因检测,顾名思义,就是针对与肿瘤相关的基因进行检测的一门技术。目前的市场上,肿瘤基因检测的产品方向主要有以下几种:
      1,肿瘤易感基因检测:主要检测遗传多态性,这类产品的特点是频率高,致病性低,通常不直接致病,而是增加患病的风险;
      2,遗传性肿瘤基因检测:主要检测胚系突变,这类产品的特点是频率低,致病性高,一旦携带有这种突变,则得病的概率非常高,可能在50%以上,甚至于100%;
      3,肿瘤精准用药基因检测:主要包括化疗、靶向及免疫等药物?;埔┪锘蚣觳獗冉霞虻?,主要检测人体正常细胞的基因多态性(除了肿瘤组织的基因表达量),而不是测肿瘤细胞的基因突变,所以化疗药物基因检测还不能算是完全意义上的精准医疗,因为没有涉及对肿瘤细胞基因突变的分析;靶向药物基因检测通?;峒觳庵琢鲂藕磐分刑囟ɑ虻牡阃槐?插入缺失/拷贝数变异/融合(结构变异)情况,从而找到对特定患者有效的药物或方案,算是真正意义上的精准医疗;免疫药物基因检测主要还是检测与免疫治疗相关的生物标志物,比如TMB,PD-L1,MSI,MMR,HLA等,以期指导免疫治疗;
      4,肿瘤早期筛查基因检测:通过液体活检技术对ctDNA(甲基化)进行检测,在肿瘤早期或超早期的时候就能够发现基因水平的变化,从而达到早筛查,早发现,早诊断及早治疗的目的;
      5,肿瘤预后预测、疗效评估等基因检测...
      2,说到肿瘤基因检测,大家必定会说到 panel,那么panel到底是个啥东西?
      基因Talks:Panel 其实是NGS(二代测序,高通量测序技术)技术发展起来的一个词语,主要指同时检测多个基因、多个位点?;蚣觳獾?Panel 官方称之为“基因包”,也可以称之为“基因组合”,商业化的市场习惯称之为“基因套餐”。
      就基因 Panel 本身来说,其实并没有指明所检测的基因数目应该是多少。几个基因可以是一个 Panel,几十个基因也可以是一个 Panel,几百上千个基因也可以是一个 Panel。就 Panel大小来说,不仅需要看检测基因的数目,还需要看基因所覆盖的区域大小。
      3,说到肿瘤基因检测Panel,通常都会提及 测序覆盖度、测序深度、有效测序深度、灵敏度、特异性、检测限,这些到底是个啥?
      基因Talks:测序覆盖度指测序获得的序列占整个 panel 基因组 size 比例。由于 Panel 基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在,测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域,这部分没有获得的区域就称为Gap。比如一个肿瘤panel测序,覆盖度是99%的话,那么还有1%的序列区域是没有通过测序获得的,Gap就是1%。
      测序深度指测序得到的总碱基数/待测基因组大小,它是评价测序量的指标之一。假设一个 panel 的 size 为 2.0M,测序深度为 500X,那么获得的总数据量为 1.0G。它的测序深度=总数据量 1.0G/panel 大小 2.0M=500X)。
      有效测序深度:不等同于测序深度,是指可信的去除重复序列(dup)后目标区域的平均深度。比如 2.0M 的 Panel Size,下机数据量1.0G,有50%数据落在目标区域(on target),50%为重复序列,那么其测序深度为500X (1.0G/2.0M),有效深度仅为125X(1G*50%*50%/2.0M)。
      灵敏度( sensitivity) :指患者中试验阳性者所占比例。对应假阴性率。计算公式:灵敏度( Sen) = a/( a+ c) % 。
      特异度( specificity) :指没有患病的人中试验阴性者所占比例。对应假阳性率。计算公式:特异度( Spe) = d/ ( b+ d) % 。
    肿瘤基因检测必须知道的十问十答!
    灵敏度和特异性计算参考表
      检出限(LOD):Limit of detection,是指样品中分析物可被检出的最低的含量,此项指标体现了试剂检测的分析灵敏度。
      4,提高测序深度会不会提高检出限(LOD)?
      基因Talks:提高测序深度可以增加检测灵敏度、特异性,同时提高检出限,但不能突破极限检出限。在DNA量一定的情况下,满足一定量测序深度后,检出限存在理论极限值,单纯通过增加测序深度并不能降低检出限,盲目加大测序深度只会产生更多的重复(duplication),造成数据浪费,所以测序深度并非越深越好。比如 ctDNA上样量为 33ng(10000拷贝),文库构建转化率50%,就是5000个拷贝,测序深度增加再深,理论上最多也只能测出5000个拷贝,LOD也不可能达到万分之一的。
      5,肿瘤基因检测技术中,对于Reads,Raw Reads及Clean Reads是如何进行理解的?
      基因Talks:Reads:高通量测序平台产生的序列就称为reads。
      Raw Reads:原始下机数据称为Raw Reads(Raw data)。
      Clean Reads:通过生物信息的方法,去除一些质量差的reads(比如测序错误,长度小于20的reads,接头序列,UMI序列等),得到Clean Reads(Clean data)。
      6,肿瘤基因检测,对于新鲜组织、石蜡切片、胸腹水、外周血样本类型应该如何选择呢?
      基因Talks:毋庸置疑,组织应该是金标准,有组织的情况下,肯定组织优先。按照检出率的话,新鲜组织>石蜡切片>胸腹水上清>胸腹水细胞>外周血。不过做肿瘤基因检测的话,最主要的还是要考虑临床取样的便捷性!
      7,无法取到组织的时候,什么情况下才适合用外周血进行基因检测呢?
      基因Talks:无法取得组织的话,最好是临床处于中晚期(临床III期后)的患者才适合用外周血进行基因检测,同时,外周血ctDNA检测最好是在没有经过任何治疗之前进行采血检测,放化疗和靶向治疗均会对外周血ctDNA检测结果产生影响。
      8,在使用肿瘤大panel做肿瘤用药或TMB检测的时候,是否需要提供外周血作为对照呢?
      基因Talks:最好提供外周血进行对照,这样可以确保检测出的基因变异都是肿瘤细胞特有的。有的公司是通过公共的SNP数据库进行过滤,比如1000g,ExAC_ALL,gnomAD,这些SNP数据其实绝大多数都是外国人的,中国人群自己的SNP数据则是非常少的,如果保证种系变异能够精准的过滤,最好还是提供外周血作一个对照吧!
    肿瘤基因检测必须知道的十问十答!
      9,做肿瘤基因检测的话,是不是panel越大越好呢?
      基因Talks:其实,每种肿瘤基因检测产品(大中小panel)都有自己的优势,在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。比如刚确诊的时候,可以选择几个/几十个基因的panel来进行检测。但是如果晚期多处转移的时候,尤其是耐药的患者,基因突变比较复杂紊乱,可以选择更大的基因panel去检测。如果需要进行免疫治疗,想检查TMB,MSI及MMR的情况,也可以选择大panel进行检测,总之一句话,根据具体的情况来吧,比如肿瘤的类型,检测的目的及意义,经济压力,消费能力等。
      10,是不是所有的靶向药在用药前都需要做肿瘤基因检测?
      基因Talks:不是的,这个之前也说过很多次。目前有接近一半的的靶向药,比如CDK4/6靶点的靶向药,索拉非尼、瑞戈非尼、卡博替尼等多靶点的抗血管生成靶向药物,使用前无需做基因检测。大家也可以去翻阅 2018年9月21日,国家卫健委(原国家卫计委)发布的《新型抗肿瘤药物临床应用指导远侧(2018年版)》。
      不过,对于有明确疗效/耐药靶点的药物,须遵循基因检测后才可使用!不得在未做相关基因检测的情况下盲目用药哦?。?!

    责任编辑: 希禾
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